赣州现代科技职业学校的毕业证书与普通高中毕业证书虽然有所差异。普通高中毕业证书通常被视为普通教育的学历证明，而职业学校的毕业证书则证明学生在特定职业技能方面的专业培训。因此，赣州现代科技职业学校的毕业证书效力取决于其专业领域的认可度和市场需求。在某些情况下，职业学校毕业证书可能具有与普通高中证书相当的效力，尤其是在专业技能领域。具体情况还需根据学校和专业的具体情况来评估。