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万安县职业中等专业学校的毕业证书与普通高中毕业证书在效力上有所不同。职业中等专业学校主要侧重于职业技能的培训，其毕业证书更多地证明学生在某一职业技能上的专业能力。而普通高中毕业证书则更广泛地证明学生的基础教育水平。因此，两者的毕业证书在效力上并不完全等同，具体还需根据用人单位的需求和认可程度来确定。