赣州市军科职业技术学校对学生违纪行为的处理非常严肃。当发现学生有违纪行为时，学校会进行详细的调查了解事情的真相。依据学校规章制度和违纪行为的性质，学校会进行相应的处罚，如警告、记过、留校察看等。对于严重违纪行为，学校会坚决予以严肃处理，包括但不限于暂时停学或开除学籍等处罚。同时，学校也注重对学生违纪行为的预防和教育工作，努力营造一个良好的学习和生活环境。